Профессор Вацлав Войта предполагал, что благодаря многократному вызыванию у пациента  «рефлексообразных» движений происходит «разблокирование» или «повторная прокладка» функционально блокированных нервных сетей между головным  мозгом и костным мозгом.

Наилучшие результаты достигаются, если у пациента ещё не развились и не закрепились так называемые замещающие двигательные модели. У пациентов с закрепляющейся «замещающей моторикой» целью лечения является активация  и поддержание физиологичных двигательных моделей, возврат незакреплённых анормальных двигательных моделей к нормальному состоянию.

С помощью Войта-терапии стремятся восстановить доступность ранее здоровых двигательных моделей. При каждой процедуре возникают импульсы, которые оказывают активирующее действие на высшие кортикальные функции (мотивация, концентрация, выносливость, становление речи, разнообразие деятельности, сенсорика и психика).

Важнейшей целью Войта-терапии является восстановление у пациента компетенции в повседневной жизни, то есть лечение должно вернуть пациенту способность как можно лучше участвовать во всех видах деятельности, которые от него требуют семья, школа, профессия, досуг и т. п.